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常陸國の国府が置かれた時代，石岡は政治・文化の中心地として繁栄を誇っていました。国府の長官は国司と呼ばれ，その重要な任務の一つに，国内の神社の管理と祭事の運営とがありました。新しく就任すると，国内の各神社を訪れて神々を参拝する「神拝」という行事がありましたが，この「神拝」を簡略にするため，国内の神社の神々を一同に集め祀ったのが「總社」でした。
社伝によれば，常陸國總社宮の創建は天平年間と言われ，天神地祇の六柱が祀られています。六柱の祭神は，伊弉諾尊（いざなぎのみこと）・素盞嗚尊（すさのおのみこと）・瓊々忤尊（ににぎのみこと）・大国主尊（おおくにぬしのみこと）・大宮比賣尊（おおみやひめのみこと）・布留大神（ふるのおおかみ）で，それぞれ東西南北天地として国の全部を網羅し，国内の全ての神々をあらわしています。
このほか境内には十二末社があり，常陸國の主な祭神がここに祀られています。