社伝によれば聖武天皇の時代、神亀5年（728）に建立されたとされています。その後、永保2年（1082）には八幡太郎義家が奥州征伐の折に参詣し、応永2年（1395）には太田道灌が参詣したと伝えられています。また、天正18年（1590）には佐竹氏の侵攻により焼失しましたが、寛永4年（1627）に皆川山城守により再建されました。
現在の若宮八幡宮の本殿と神門は、安永2年（1773）の「八幡宮縁起」に元文年間（1736～1740）の頃に社殿を建て替えたとあり、様式手法からも当時のものと見てよいことが明らかになっています。