5月29，30日の両日，市は移築先の試掘調査を実施しました。その場所は，今でこそ市民会館の駐車場になっていますが，かつては常陸国府や府中城の範囲内だったとされる場所です。
10メートル×2メートルの範囲でトレンチ（調査用の溝）を設定して調査を行ったところ，江戸時代以前の土坑や溝などが確認されました。
 ▲試掘の様子 |
 ▲出土したすり鉢ほか（江戸期） |
この場合に取るべき方法は2つ。「保護層」と呼ぶ土の層を設けて遺跡を保護するか，本格的な発掘調査を行って記録を残し，遺跡は破壊するかです。もちろん，好ましいのは遺跡を破壊せずに後世へと伝えること。市の選択は当然，前者でした。
今回遺跡が確認されたのは，地表から約60cmの深さ。ここに陣屋門を建てようとする場合，陣屋門の基礎杭と遺跡との間に30cmの「保護層」（遺跡に影響を及ばさないための土の層）を設けなければなりません。陣屋門の基礎杭は70cmの深さが必要ですので，結果，陣屋門は地表より50cmほど高くしなければならないことになりました。
移築後は，皆さんに自由に門をくぐっていただく予定ですので，前面には階段，背面にはスロープを設けることとしました。なお，本来ならユニバーサル・デザインにも配慮すべきところですが，門の「蹴放し」と呼ばれる部分に設けるスロープがどうしても急傾斜になるため，断念せざるを得ませんでした。