祭神は日本武尊と闇龗神の2神である。
創建年代は，はっきりしないが，『日本三代実録』に仁和元年（885）9月7日戊子，授かるに常陸国従五位下，村上神社従五位上とあることから，かなり古い創建と思われる。
社殿は，しばしば火災に見舞われたが，その都度再建され，明治16年4月，現社号となった。
龍門・君門の2穴があり，甚だ深くて底が分からない。これより清水が湧出し，村上の人々の飲料水や灌漑用水となったといわれている。境内に｢御神水｣の碑があり，今も少量ながら水が湧出している。5.2haの境内に本殿・拝殿・幣殿などがある。
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