江戸時代、石岡市には徳川光圀の弟である松平頼隆を藩祖とする府中藩が置かれました。
府中藩は御三家・水戸藩の御連枝として格式が高く、藩主は江戸に常駐していました。代わりに地元で政務をとるために設置されたいわば役所が「陣屋」です。
陣屋門は9代藩主松平頼縄のとき、文政11年(1828)江戸小石川の藩邸を新築した際に余った材木を使い建築したものです。主として欅（けやき）材を用いていますが、樟（くすのき）を使用した部分もあります。
この門は石岡小学校の校門となっていましたが昭和44年学校敷地内に移転され、平成26年市民の要望に応えて現在地へ移されました。